Zum Abschluss der 14jährigen Schulkirchsanierung im Jahre 1993 wurde von der renommierten Orgelbaufirma Sandtner aus Dillingen ein neues Pfeifenwerk nebst neuer mechanischer Spielanlage in das originale Funtsch-Gehäuse eingebaut. Dabei wurde versucht, sich an dem ursprünglichen Orgelwerk zu orientieren: Die originale Disposition (Registeraufstellung) anno 1760 mit 19 Registern wurde als klangliche Grundlage benutzt und mit 7 weiteren Klangfarben erweitert (kursiv geschrieben).
| I. Hauptwerk | II. Schwellwerk | Pedal |
| Copel 16‘ | Copel 8‘ | Violon 16‘ |
| Principal 8‘ | Solicinal 8‘ | SubPaß 16‘ |
| gedeckte Copel 8‘ | Piffara 8‘ | OctavPaß 8‘ |
| offene Copel 8‘ | Flötten 4‘ | Copel 8‘ |
| Gamba 8‘ | Flaschonetl 2‘ | Oktav 4‘ |
| Octav 4‘ | Quint 1 1/3 | Fagott 16‘ |
| Gembshorn 4‘ | Schalmei 8‘ | |
| Quint 3‘ | ||
| Superoctav 2‘ | ||
| Sesquialtera 1 3/5 | ||
| Mixtur major 4f 2‘ | ||
| Mixtur minor 3f 1‘ | ||
| Trompete 8‘ |
Im 18. Jahrhundert gehörte die Orgelbauerfamilie Funtsch in Amberg zu den bedeutendsten ihrer Zunft in der Oberpfalz. In einigen Kirchen wie am Habsberg (Richtung Neumarkt) oder in der Amberger Katharienen- und Bergkirche sind noch Orgeln ihrer Werkstatt zu finden. Zu einer ihrer größten und vielleicht auch schönsten Schöpfung gehört die Orgel der Schulkirche.
Das ungemein bewegte Gehäuse, das wie eine Perle in der Muschelempore heute noch erhalten ist, wurde 1758 von Johann Konrad Funtsch entworfen und 1760 mit der gesamten Orgel fertiggestellt. Es läßt sehr deutlich den Funsch‘schen Baustil und somit eine besondere Eigenart der Oberpfälzer Orgellandschaft erkennen:
„Ein dominierender Mittelturm wird von zwei stark abgesetzten Zwischenfeldern eingerahmt, die sich in nach oben schwingenden Außenfeldern fortsetzen. Die so entstandene Harfenform, die im Grundriss auch geschwungen ist, mündet in diagonal gestellte, mit Putten geschmückte Zierbalken.“
1926 wurden die Pfeifen und die Spielanlage von der Orgelbaufirma Steinmayer aus Oettingen geändert und dem damaligen Zeitgeschmack entsprechend einem grundtönigen und dunkleren Klangbild unterworfen. Auch wurde der mechanische Spielschrank durch einen „modernen“ freistehenden Spieltisch mit pneumatischer Spieltraktur ersetzt.
1993 wurde der Spieltisch wieder in das Gehäuse der Orgel eingebaut und verschiedene Details wie Registerschwerter, Klaviaturenwangen etc. nach den vorhandenen Vorbildern rekonstruiert.
